Alors qu’il assiste à une série de conférences à Londres, Jonathan Smith, médecin militaire et chercheur à l’Institut de recherche médicale pour les maladies infectieuses de l’armée américaine, apprend que sa fiancée, Sophia, est appelée en pleine nuit à son laboratoire : trois décès brutaux causés par un virus inconnu se sont produits à travers les États-Unis.
Jonathan rentre et assiste, impuissant, à l’agonie de Sophie, victime à son tour du mystérieux virus. Malgré les conclusions des médecins, il reste persuadé qu’elle a été assassinée.
Au cours de l’enquête clandestine qu’il décide de mener, Jonathan fera appel à d’anciens amis : Marty Zellerbach, génie de l’informatique, et Peter Howell, ancien des services spéciaux.
Le Dr Jonathan Smith et son « commando de l’ombre » sont persuadés qu’un homme possède le virus et s’en sert pour déclencher une pandémie. Dans quel but ? Ils approchent peu à peu de l’insoutenable vérité…